The Genome of the Basidiomycetous Yeast and Human Pathogen <i>Cryptococcus neoformans</i>
Brendan Loftus(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Eula Fung(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Paola Roncaglia(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Don Rowley(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Paolo Amedeo(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Dan Bruno(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jessica Vamathevan(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Molly Miranda(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Iain Anderson(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), James A. Fraser(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jonathan Allen(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Ian E. Bosdet(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Michael R. Brent(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Readman Chiu(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Tamara L. Doering(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Maureen J. Donlin(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Cletus A. D’Souza(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Deborah S. Fox(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), V.B. Grinberg(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jianmin Fu(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Marilyn Fukushima(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Brian J. Haas(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), James Huang(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Guilhem Janbon(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Steven J.M. Jones(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Hyunwoo Koo(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Martin Krzywinski(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), June K. Kwon-Chung(National Institutes of Health), Klaus B. Lengeler(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Rama Maiti(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Marco A. Marra(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Robert E. Marra(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Carrie Mathewson(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Thomas G. Mitchell(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Mihaela Pertea(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Florenta Riggs(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Steven L. Salzberg(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jacqueline E. Schein(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Alla Shvartsbeyn(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Heesun Shin(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Martin Shumway(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Charles A. Specht(Boston University), Bernard Suh(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Aaron Tenney(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Terry Utterback(J. Craig Venter Institute), Brian L. Wickes(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jennifer R. Wortman(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Natasja H. Wye(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), James W. Kronstad(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Jennifer K. Lodge(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Joseph Heitman(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Ronald W. Davis(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Claire M. Fraser(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati), Richard W. Hyman(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati)
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Abstract
Cryptococcus neoformans is a basidiomycetous yeast ubiquitous in the environment, a model for fungal pathogenesis, and an opportunistic human pathogen of global importance. We have sequenced its approximately 20-megabase genome, which contains approximately 6500 intron-rich gene structures and encodes a transcriptome abundant in alternatively spliced and antisense messages. The genome is rich in transposons, many of which cluster at candidate centromeric regions. The presence of these transposons may drive karyotype instability and phenotypic variation. C. neoformans encodes unique genes that may contribute to its unusual virulence properties, and comparison of two phenotypically distinct strains reveals variation in gene content in addition to sequence polymorphisms between the genomes.
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