Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil
Marta Giovanetti(Universidade Federal de Minas Gerais), Svetoslav Nanev Slavov(Universidade de São Paulo), Vagner Fonseca(Universidade Federal de Minas Gerais), Eduan Wilkinson(Stellenbosch University), Houriiyah Tegally(Stellenbosch University), José Salvatore Leister Patané(Instituto Butantan), Vincent Louis Viala(Instituto Butantan), James Emmanuel San(Stellenbosch University), Evandra Strazza Rodrigues(Universidade de São Paulo), Elaine Vieira Santos(Universidade de São Paulo), Flávia Figueira Aburjaile(Universidade Federal de Minas Gerais), Joilson Xavier(Universidade Federal de Minas Gerais), Hegger Fritsch(Universidade Federal de Minas Gerais), Talita Adelino(Universidade Federal de Minas Gerais), Felicidade Mota Pereira, Arabela Leal, Felipe Campos de Melo Iani(Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais), Glauco de Carvalho Pereira(Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais), Cynthia Vázquez(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Gladys Mercedes Estigarribia Sanabria(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Elaine Cristina de Oliveira, Luiz Henrique Ferraz Demarchi, Júlio Croda(Universidade Federal de Mato Grosso do Sul), Rafael dos Santos Bezerra(Universidade de São Paulo), Loyze Paola Oliveira de Lima(Instituto Butantan), Antonio Jorge Martins(Instituto Butantan), Cláudia Renata dos Santos Barros(Instituto Butantan), Elaine Cristina Marqueze(Instituto Butantan), Jardelina de Souza Todão Bernardino(Instituto Butantan), Débora Botéquio Moretti(Instituto Butantan), Ricardo Augusto Brassaloti(Universidade de São Paulo), Raquel de Lello Rocha Campos Cassano(Universidade de São Paulo), Pilar Mariani, João Paulo Kitajima(Mendelics), Bibiana Santos(Mendelics), Rodrigo Proto‐Siqueira(Instituto de Biologia Molecular do Paraná), Vlademir Vicente Cantarelli(Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre), Stephane Tosta(Universidade Federal de Minas Gerais), Vanessa Brandão Nardy, Luciana Reboredo de Oliveira da Silva, Marcela Gómez, Jaqueline Gomes Lima, Adriana Aparecida Ribeiro(Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais), Natália Rocha Guimarães(Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais), Luiz Takao Watanabe, Luana Barbosa Da Silva, Raquel da Silva Ferreira, Mara Patricia F. da Penha, María José Cilleruelo Ortega(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Andrea Gómez de la Fuente(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Shirley Villalba(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Juan Torales(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), María Liz Gamarra(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Carolina Aquino(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Gloria Patricia Martínez Figueredo(Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social), Wellington Santos Fava(Universidade Federal de Mato Grosso do Sul), Ana Rita Coimbra Motta-Castro(Universidade Federal de Mato Grosso do Sul), James Venturini(Universidade Federal de Mato Grosso do Sul), Sandra Maria do Valle Leone de Oliveira(Universidade Federal de Mato Grosso do Sul), Crhistinne Cavalheiro Maymone Gonçalves, Maria do Carmo Debur Rossa, Guilherme Becker, Mayra Presibella Giacomini, Nelson Quallio Marques, Irina Nastassja Riediger, Sônia Mara Raboni(Hospital de Clínicas Universidade Federal do Paraná), Gabriela Mattoso(Fundação Carlos Chagas), Allan D. Cataneo(Fundação Carlos Chagas), Camila Zanluca(Fundação Carlos Chagas), Claudia Nunes Duarte dos Santos(Fundação Carlos Chagas), Patrícia Akemi Assato(Universidade Estadual Paulista (Unesp)), Felipe Allan da Silva da Costa(Universidade Estadual Paulista (Unesp)), Mirele Poleti(Universidade de São Paulo), Jéssika Cristina Chagas Lesbon(Universidade de São Paulo), E. C. Mattos(Universidade de São Paulo), Cecília Ártico Banho(Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto), Lívia Sacchetto(Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto), Marília Mazzi Moraes(Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto), Rejane Maria Tommasini Grotto(Hospital São Paulo), Jayme A. Souza‐Neto(Universidade Estadual Paulista (Unesp)), Maurício Lacerda Nogueira(Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto), Heidge Fukumasu(Universidade de São Paulo), Luiz Lehmann Coutinho(Universidade de São Paulo), Rodrigo T. Calado(Universidade de São Paulo), Raul Machado Neto(Instituto Butantan), Ana María Bispo de Filippis(Fundação Oswaldo Cruz), Rivaldo Venâncio da Cunha(Fundação Oswaldo Cruz), Carla Freitas(Ministério da Saúde), Cássio Peterka(Ministério da Saúde), Cássia de Fátima Rangel Fernandes(Ministério da Saúde), Wildo Navegantes(Pan American Health Organization (Brasil)), Rodrigo Fabiano do Carmo Said(Pan American Health Organization (Brasil)), Carlos F. Campelo de A e Melo(Pan American Health Organization (Brasil)), María Almirón(Pan American Health Organization (Brasil)), José Lourenço(University of Lisbon), Túlio de Oliveira(University of Washington), Edward C. Holmes(The University of Sydney), Ricardo Haddad(Instituto Butantan), Sandra Coccuzzo Sampaio(Instituto Butantan), Maria Carolina Elias(Instituto Butantan), Simone Kashima(Universidade de Ribeirão Preto), Luíz Carlos Júnior Alcântara(Universidade Federal de Minas Gerais), Dimas Tadeu Covas(Universidade de Ribeirão Preto)
Cited by 110Open Access
Abstract
The high numbers of COVID-19 cases and deaths in Brazil have made Latin America an epicentre of the pandemic. SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, but important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at a national scale. We use 17,135 near-complete genomes sampled from 27 Brazilian states and bordering country Paraguay. From March to November 2020, we detected co-circulation of multiple viral lineages that were linked to multiple importations (predominantly from Europe). After November 2020, we detected large, local transmission clusters within the country. In the absence of effective restriction measures, the epidemic progressed, and in January 2021 there was emergence and onward spread, both within and abroad, of variants of concern and variants under monitoring, including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). We also characterized a genomic overview of the epidemic in Paraguay and detected evidence of importation of SARS-CoV-2 ancestor lineages and variants of concern from Brazil. Our findings show that genomic surveillance in Brazil enabled assessment of the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants.
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