The genome of Theobroma cacao
Xavier Argout(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Jérôme Salse, Jean‐Marc Aury(Centre National de la Recherche Scientifique), Mark J. Guiltinan(Pennsylvania State University), Gaëtan Droc(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Jérôme Gouzy(Centre National de la Recherche Scientifique), Mathilde Allègre(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Cristian Chaparro(Centre National de la Recherche Scientifique), Thierry Legavre(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Siela N. Maximova(Pennsylvania State University), Michaël Abrouk, Florent Murat, Olivier Fouet(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Julie Poulain(Centre National de la Recherche Scientifique), Manuel Ruíz(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Yolande Roguet(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Maguy Rodier-Goud(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), José Fernandes Barbosa-Neto(Centre National de la Recherche Scientifique), François Sabot(Centre National de la Recherche Scientifique), Dave Kudrna(University of Arizona), Jetty S. S. Ammiraju(University of Arizona), Stephan C. Schuster(Pennsylvania State University), John E. Carlson(Chonnam National University), Erika Sallet(Centre National de la Recherche Scientifique), Thomas Schiex, Anne Diévart(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Melissa Kramer(Cold Spring Harbor Laboratory), Laura Gelley(Cold Spring Harbor Laboratory), Zi Shi(Pennsylvania State University), Aurélie Bérard(Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives), Christopher Viot(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Michel Boccara(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Ange Marie Risterucci(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Valentin Guignon(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Xavier Sabau(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Michael J. Axtell(Pennsylvania State University), Zhaorong Ma(Pennsylvania State University), Yufan Zhang(Pennsylvania State University), Spencer C. Brown(Centre National de la Recherche Scientifique), Mickaël Bourge(Centre National de la Recherche Scientifique), Wolfgang Golser(University of Arizona), Xiang Song(University of Arizona), Didier Clément(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Ronan Rivallan(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), G.Mathias Tahi(Centre National de Recherche Agronomique), Joseph Moroh Akaza(Centre National de Recherche Agronomique), Bertrand Pitollat(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Karina Peres Gramacho(Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira - Ceplac), Angélique D'Hont(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Dominique Brunel(Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives), Diógenes Infante(Instituto de Estudios Avanzados), Ismael S. Kébé(Centre National de la Recherche Scientifique), Pierre Costet, Rod A. Wing(University of Arizona), W. Richard McCombie(Cold Spring Harbor Laboratory), Emmanuel Guiderdoni(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Françis Quétier(Université d'Évry Val-d'Essonne), Olivier Panaud(Centre National de la Recherche Scientifique), Patrick Wincker(Centre National de la Recherche Scientifique), Stéphanie Bocs(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), Claire Lanaud(Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement)
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Abstract
Xavier Argout and colleagues report the draft genome of Theobroma cacao, the tropical crop that is the source of chocolate. The sequence assembly covers approximately 80% of the genome. We sequenced and assembled the draft genome of Theobroma cacao, an economically important tropical-fruit tree crop that is the source of chocolate. This assembly corresponds to 76% of the estimated genome size and contains almost all previously described genes, with 82% of these genes anchored on the 10 T. cacao chromosomes. Analysis of this sequence information highlighted specific expansion of some gene families during evolution, for example, flavonoid-related genes. It also provides a major source of candidate genes for T. cacao improvement. Based on the inferred paleohistory of the T. cacao genome, we propose an evolutionary scenario whereby the ten T. cacao chromosomes were shaped from an ancestor through eleven chromosome fusions.
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